Nach den Wirren der Reformationszeit wurde die Quakenbrücker Kirche St. Sylvester (1235 erstmals erwähnt) der evangelischen Mehrheit zugesprochen. Die Katholiken konnten von der Hälfte des Kirchenkapitals ein neues Gotteshaus errichten.

Der Bau der Marienkirche am Markt begann 1661 und wurde erst 1696 fertiggestellt. Bei der Zerstörung 1945 blieben nur der 1873 errichtete neugotische Turm und der mittelalterliche Turm der Landesburg, der zunächst als Kirchenturm diente, erhalten. Beide Türme wurden in den Neubau des Architekten Feldwisch-Drentrup, Osnabrück, einbezogen. Die heutige Gestalt bekam die Kirche mit teilweise historischer Ausstattung bei der Restaurierung im Jahre 2000.

Das Patrozinium der Gemeinde ist am 08. Dezember.